内気な高校生の武藤遊戯は、古代エジプトの遺物である千年パズルを解いたことにより闇の人格を手に入れ、闇のゲームの番人となる。危険で過激なゲームで敵と勝負し、倒した敵に罰ゲーム（精神崩壊など）を与え成敗する、というのが当初のストーリー。テーマは「友情」、ストーリーの主軸は「ゲーム」および「オカルト」となっており、ゲーム要素こそTCGにほぼ一本化したものの、これらの軸は長期連載の間もブレることは無かった。ちなみにオカルト的要素を取り上げた漫画は『ジョジョの奇妙な冒険』や『三つ目がとおる』などがあるが、前者に関しては絵柄や人物描写、後者に関しては設定面（二つの人格を持つ主人公とヒロインの三角関係、主人公の額に現れる瞳など）でリスペクトともとれる部分が多い。