前作『EX』と違い、反撃の際に武器が選べるようになった。そして、新システムとして、『強化パーツ』が追加された。強化パーツを装備すると、装備したユニットの運動性やHPなどが上がったり、射程が伸びるなど、様々な追加性能が得られる。また、『シールド防御』や『切り払い』、『底力』などの特殊技能も加わり、後のスパロボの基礎となるシステムが追加されていった。また、パイロット能力に「弱気～超強気」など性格の概念が追加され、味方機が撃墜されるたびに気力が上下するようになった。これはゲーム中ではパイロットのステータス画面でも確認できないが、基本的に一般兵や戦闘が苦手なキャラは弱気か普通、ベテランのパイロット及び好戦的なネームドキャラや大ボスキャラは強気～超強気な傾向にある。なお本作ラスボスのゼゼーナンはラスボスのくせに弱気。などなど、後年のスパロボシリーズの基礎を構成する要素が本作から様々に追加されている。