第5話にてアニメ鎮守府では何故かいつもどこかに出張している提督の令により、全艦隊の解散・再編成がなされた。吹雪（主人公）は初陣から共に戦ってきた旧第三水雷戦隊の僚艦との別れを惜しみ、新たに戦隊を組む僚艦に不安と期待を抱く。そして組まれ、吹雪の配属先となった第五遊撃部隊は犬猿の仲の二隻と、絶対不可侵の聖域に住まう二隻を含んだチームワーク最悪の編成だった。