マガジン・マガジンより発行されていた雑誌『百合姉妹』の廃刊後、執筆陣をほぼ変えることなく、一迅社より『百合姫』と改題され、2005年7月に創刊される（2007年まで『コミックZERO-SUM』の増刊扱い）。創刊時は三ヶ月に一回発行されていた。2007年には百合姫Sという男性向け寄りの姉妹誌も創刊したが、2010年11月、百合姫と統合し、隔月誌となった（なお、百合姫Sの連載作品は最終号であるvol.14時点で11あったが、連載再開するとしたのは8作品、さらには実際に連載再開されたのはわずか3作品であった。最終的に連載再開含めて5作品が完結、1作品（『ゆるゆり』）が連載中である）。2016年11月発売の2017年1月号より月刊化された。