周囲を至仏山、燧ヶ岳といった2,000m級の山に囲まれた盆地状の構造になっている。そのためミズバショウなどの他地域とは異なる植物が多くみられる。尾瀬沼や尾瀬ヶ原は阿賀野川の支流只見川の水源地であり、ここから日本海に向かって流れているが、中央分水嶺のすぐそばに位置しているため南の群馬側には利根川水系の水源もある。