函館本線と道南いさりび鉄道線が発着する駅で、北海道の鉄道の起点となっている駅である。北海道ではこの函館駅を頂点として上り下りが決められている。開業は1902年12月10日だが、現在の位置に移ったのは1904年7月1日でそれまでの函館駅は亀田駅に改称された。（亀田駅は1911年8月29日に廃止。）かつては青函連絡船との乗換駅として賑わっていた。なお、桟橋が駅から離れていたこともあり、1915年～1968年に函館桟橋駅が設置されていたのだが、当駅に統合されて廃止されている。なお、青函連絡船廃止後も駅舎に名残があったのだが、2003年に建て替えられたため、現在は面影は無いに等しい。なお、駅舎建て替え前は6面11線あったのだが、建て替えの際に0～2番線が廃止され、3番線以降が繰り上がり、4面8線となっている。なお、1・2番線は建て替え時に架線が撤去されたため、気動車のみ入線可能となっている。