沖縄の海岸に謎のオーパーツが漂着するという出来事を境に、人々が不可能犯罪によって変死を遂げていく怪事件が発生。警視庁の氷川誠は、事件を追う内に犯人が未知の怪物「アンノウン」であることを知り、アンノウンを討つ謎の戦士「アギト」の存在を目の当たりにする。刑事としてアンノウンとアギトの謎を追い、G3システムを装着して戦いに赴く氷川誠、素性を隠し、みんなの居場所を守るためにアギトとして戦う記憶喪失の青年、津上翔一、後にアギトの力に目覚め、不幸のどん底を行く青年、葦原涼という三人の青年たちの人生と、あかつき号事件や風谷伸幸殺しといった過去の事件の謎を軸に物語が展開していく。