32ビット機に移ったことで、グラフィック面が大幅にパワーアップ、ロックマン含むキャラクター達に声優によるボイスとアニメが追加、パスワードが廃止されメモリーカードにセーブできるようになった。　「E缶」が廃止（後述）されたもののボスの強さが控えめで、特殊武器やパーツによるカスタマイズ（後述）もあるため、ゲームの進め方次第では他作品より難易度は低くなると思われる。