標準的な操作方法は「リモコン＋ヌンチャク（フリースタイル）」で、リモコンを傾けながらボタンを押すなどの操作が追加された。クラシックコントローラーでも操作可能で、前作を遊んだ人に向いているとされる。操作方法は二種類用意されていて、PSPやPS2と同じような操作に設定できる。また操作方法の変化に伴いモーションが変更・追加されている。