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タグ：メトロイドフュージョン

サムス・アランによる2度目の潜入によって惑星ゼーベスとスペースパイレーツ、そして最後のメトロイドが宇宙から消え去ってから時が経ち、メトロイド絶滅後の惑星SR388の生態系調査のため、銀河連邦が派遣した調査隊の警護にサムスは同行する。だがその途中、サムスは謎の生命体「X」に襲われてしまう。その場では異常は見られなかったものの、スターシップでの移動中に突如意識を失い、コントロールを失ったシップは小惑星帯に激突してしまう。脱出ポッドが作動して無事だったものの、サムスの体はパワードスーツはおろか中枢神経までXに侵食され、生存は絶望視されていた。そんな状態のサムスを救ったのはあのベビーメトロイドから作られたワクチンだった。Xにとってメトロイドは天敵だったのだ。一命を取り留めたのも束の間、SR388の調査で捕獲された生物が運び込まれたBIOLOGIC宇宙生物研究所で、原因不明の爆発事故が起きたとの知らせが入る。胸騒ぎを覚えたサムスは自ら事故の調査を申し出るのだった。