悪の組織「フレア団」の解散から半年後….カロス地方の各地ではポケモンたちが暴走するという謎の事件が発生。各地のジムリーダーは、事態の収拾にあたっていた。そのうちの一人、コルニもまた事件解決のためミアレシティに潜入していた。「街をこんなにしちゃった犯人を見つけないと!」解決策はただ一つ、メガストーンを所持したポケモンを倒すこと!しかし、そんなコルニに暴走したポケモンが襲いかかる。「ぶっとび団参上だオラァ!!」長い沈黙を破りついにアイツらが帰ってきた!!.