ニコニコマナー動画とはいろいろなマナーについてがテーマの動画である。特にニコニコ動画に参加する上でのマナーのものが多い。ニコニコ動画についてのマナー動画が初めて現れたのは2007年6月のことで、それは一般動画などに対する腐女子コメントへのものであった。その後、女性向けのMADや手描きMADが多く作られるようになった7月頃には、一般視聴者との摩擦が増え、マイリストの自重や検索避けなどの提案がなされるようになった。実際、女性向け動画を快く思わない荒らしの増加や、通報による動画の削除が相次いだ。現在のところ、腐女子向けやBLの動画の住み分けは底々うまくいっているが、一般作品の女性向けMADなどではまだ問題のおきている所もある。また、女性向けだけでなく、男性向けに対するマナー動画もある。一般動画でのコメント等や荒らしに対するマナー動画も多い。