今回は"とある"地球が舞台で、ピーチ姫とクッパの結婚式を阻止すべく、マリオがキノコ王国を飛び出して様々な"国"を冒険するというストーリー。メキシコ風の砂漠地帯、カラフルな野菜とお料理の世界、リアルな頭身の人間達が暮らす現代風の都市、ヨッシーとはまた違うリアルな恐竜が生息する孤島、などなどこれまでのシリーズとは毛色が違う非常に個性的なステージが多数登場する。