フンボルトペンギンやマゼランペンギンと似ているが、生息地が違うペンギンである。フンボルトペンギンは南米のチリに生息しマゼランペンギンは南米大陸先端付近に生息しているが、ケープペンギンはアフリカのナミビア頭部から南アフリカ沿岸部を繁殖地としている。大きさもフンボルトペンギンと同じくらいで模様も似ているため、素人目にはなかなか見分けが付きにくい。両種は種類的にも近く交雑可能なほど近縁だが、交雑種が子孫を残せる可能性は限りなく低い。