舞台は『人造人間キカイダー』の世界から3年後。再び地上に巨大なる悪が現れる。プロフェッサーギルとダーク最高の科学者の脳を移植して蘇ったハカイダーがハカイダー部隊を結成し世界征服に乗り出した。そしてその目的実現のために謎の少年アキラが持つ秘密を手に入れようとアキラを執拗に狙う。だが、仁王像に封印されていたキカイダー01の回路が悪の活動を感知し、長い眠りから復活した。ここに01とハカイダー部隊による戦いの日々が始まった。