宇宙世紀2011年大災害と気象変動で陸地の82％を失った地球。人々は僅かな陸地とそこに根差す超々高層エレベーター上に空中国家を築いた。最大勢力国ノースイースト連邦は、空中都市間を疾風の如く自在に駆けるMSパイロット隊を編成する。連邦の礎である伝説の研究者チームの名にあやかり「ウインドノーツ」と名付けられたそれをもって、連邦は大空を一つにしようと画策していた。