エルフィール（エリー）は故郷の村を伝染病から救ってくれた錬金術士に憧れ、ザールブルグの錬金術アカデミーを受験する。かろうじて補欠入学できたものの、成績は下から数えたほうが早いという有様。お金も無いエリーは担当教師のイングリド先生から街中の工房を紹介してもらい、調合でお金を稼ぎながら錬金術の勉強をすることになる。