博麗霊夢と東風谷早苗の巫女２人は、例大祭に備えてお祭りの音頭に悩んでいた。これといった良い拍子が思いつかないため幻想郷を探し回って音楽を集めることにしたのだが・・・行く先々で起こる拍子音、またそれにつられて動く妖怪達そんな行く先々で起こる奇妙な事柄を不思議に思った巫女二人が解決に動くのであった。というあらすじで始まる、 東方では３作目となる音楽シミュレーションゲームで、一部で早苗信仰組が「ついに主人公の座だ！」と騒いでいたのは言うまでもなく・・・